2004年5月國藥集團醫藥物流有限公司注冊成立，注冊資本3億元人民幣，是國藥控股股份有限公司（香港上市股票代碼HK1099）的全資子公司。在上海、北京、廣州、天津、沈陽、武漢等地建有現代物流中心與配送中心體系。各大區域物流中心共擁有近10萬平米的庫房，運輸車輛300多輛，其中冷藏車30輛，2011年貨運價值量超過500個億。 十二五期間，將陸續在全國完成40億人民幣的物流投資。
2012年，公司物流網絡覆蓋除西藏以外的全部省市，自有物流服務已覆蓋全國30多個一級城市，100多個二、三級城市，2000多家商業公司，1萬多家醫院，10萬多家藥店及診所，是中國網絡覆蓋最全的醫藥物流企業。同時國藥物流還是國家一級搶險、救災、軍需、外援等藥械商品的特種儲備企業。
公司的核心第三方物流業務包括進口保稅物流、藥品物流、器械物流、冷鏈物流、零售物流、院內物流、臨床試驗物流和各類個性化的醫藥物流解決方案。公司主要采取一體化的多倉運營管理模式，通過不斷整合資源，構建中國最廣闊的醫藥物流服務網絡。